In de grensregio zien we uitdagingen die de verdere groei van de aquacultuursector of subsector tegengaan en die in verschillende werkpaketten aangepakt worden binnen AQUAVLAN 2.
1. Overheden investeren sterk in clustergebieden waarbij een integratie wordt beoogd tussen verschillende teelten en de aquacultuursector ten einde de sector verder uit te bouwen. Vandaag zien we echter weinig bedrijven/investeerders deze integratie maken doordat ze nog onvoldoende geloven in dit concept. Een verdere ontwikkeling van integratietechnieken, het ondersteunen van innovatieve producten en aantonen van economische haalbaarheid met behulp van praktijkonderzoek in samenwerking met bestaande bedrijven zijn noodzakelijk om investeerders te overtuigen.
2. Andere knelpunten zijn de beschikbaarheid van voldoende water van goede kwaliteit, de beperkingen op het lozen van effluentwater op oppervlakte water en mestproductie. Hier kan integratie , het sluiten van kringlopen een uitkomst biedenJ.  De  zoetwater aquacultuur kan gecombineerd worden met serreteelt, in de zoutwateraquacultuur kunnen verschillende productie processen afgesteld worden op elkaar zodat de kringloop van grondstoffen gesloten wordt.
3. Daarnaast is onderzoek in samenwerking met bedrijven nodig om de productiekosten voor aquacultuur te verlagen en een hogere economische rendabiliteit te realiseren. De ontwikkeling van nieuwe voeders voor schelpdieren en vissen vormen hier een belangrijke stap. De smaak, kwaliteit en marktwaarde van oesters kan onder meer gestuurd worden door het toedienen van specifieke voeders die verkocht kunnen worden op de groeiende wereldmarkt. Er is nood aan innovatieve visvoeders, dit om integraties met andere sectoren (oa tuinbouw) mogelijk te maken en vismeel gebruik te minderen, en dus visteelt ecologischer en economischer te maken. Valorisatie bestaat uit de verkoop van voeders, vismeelvervangers en consumptievis.
4. Een belangrijk probleem bij de visproductie (maar ook kaviaar en garnalen productie) in gesloten systemen blijft de aanwezigheid van grondsmaak in het eindproduct. Dit blijkt tot op vandaag een (wereldwijd) probleem in zoet en zeewater aquacultuur.
5.Tot slot zien we dat binnen de sector (mondiaal) het vinden van goed opgeleid personeel nog steeds een knelpunt is. Hiervoor zullen Odisee, HZ en UGent hun opleidingen beter op elkaar afstellen naar complementariteit en het behalen van een grensoverschrijdend diploma.

Daarnaast voorziet het project een budget dat gereserveerd is voor bedrijfsspecifieke vragen. De bedrijven kunnen ter waarde van 300.000 (waar ze zelf 10% van financieren) specifieke vragen laten oplossen door de onderzoekspartners binnen AQUAVLAN  2.
Op deze manier wil het project zowel de sector met zijn vele subsectoren vooruit helpen en de individuele bedrijven ondersteunen met hun specifieke vragen.